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微生物常用的复合碳源物质分为有机碳源和无机碳源两种。有机碳源包括各种糖类、蛋白质、脂肪、有机酸等。 微生物生长繁殖或积累代谢产物的营养基质。任何培养基中均需含有微生物所必需的能源、碳源、氮源、矿质元素、水和生长因素，但不同营养类型、不同种类的微生物对营养元素的要求又有很大差异。 氮源： 自养微生物以含氮无机物铵盐、硝酸盐等为氮素营养，例如氧化硫杆菌以（NH4）2SO4为氮源；异养微生物以无机物铵盐、硝酸盐或含氮有机物为氮源。自生固氮菌利用空气中的N2为氮素营养，其培养基中无须加入氮源，称为无氮培养基。
高效复合碳源过促进聚磷菌和反硝化聚磷菌在厌氧、好氧交替状态下迅速生长, 使其好氧吸磷量大大超过厌氧释磷量, 即增强微生物对磷的内吸收, 并在好氧末端通过对富磷污泥的排放, 达到除磷的效果。 反硝化菌是属于异养型兼性厌氧菌, 在缺氧的条件下以 NOx-N 电子受体, 以有机物为电子供体, 反硝化菌利用碳源将亚硝酸盐氨, 硝酸盐氮还原成气态氨(N2). 高效复合碳源作为有机物为电子供本, 可有效的给反硝化菌提供能量, 加强反硝化反应进行脱氮。
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